Mostrando postagens com marcador sequenciamento. Mostrar todas as postagens
Mostrando postagens com marcador sequenciamento. Mostrar todas as postagens

domingo, 1 de dezembro de 2013

Ferramentas analíticas e bancos de dados para metagenômica na era do sequenciamento de próxima geração


Resumo
A metagenômica se tornou uma das ferramentas de bioinformática indispensáveis na biologia microbiológica nas ultimas duas décadas, e uma nova revolução nos estudos de metagenômica está prestes a começar, com a ajuda dos recentes avanços nas técnicas de sequenciamento. A produção massiva de dados e a redução substancial de custos no sequenciamento de nova geração levou a um rápido crescimento em pesquisas de metagenômica tanto quantitativamente quanto qualitativamente. É evidente que a metagenômica será uma ferramenta essencial no estudo da diversidade e da função dos microbiomas no futuro, como os métodos de impressão digital tem feito até hoje. Ao passo que a velocidade de acúmulo de dados aumenta, ferramentas de bioinformática e bancos de dados associados para lidar com toda essa quantidade de dados são necessários. Para facilitar a análise bioinformática de dados metagenômicos, nós revisamos algumas ferramentas recentes e bancos de dados que são vastamente usados nesse campo e damos alguns "insights" sobre os desafios atuais e sobre o futuro da metagenômica visto da perspectiva da bioinformática.

Artigo na integra aqui

domingo, 24 de novembro de 2013

Análise metagenômica revela possíveis maneiras de biodegradação de pesticidas persistentes em água doce e sedimentos marinhos

Resumo 


A abundância e diversidade de genes de biodegradação (BDGs) e vias de degradação potenciais de diclorodifeniltricloroetano (DDT) , hexaclorociclohexano (HCH) e atrazina (ATZ) em água doce e sedimentos marinhos foram investigados por meio de análise metagenômica com 6 conjuntos de dados (16 GB no total). Os conjuntos de dados foram obtidos usando seqüenciamento Illumina. Os resultados mostraram que a abundância e a diversidade de BDGs , DDGS variou de acordo com fonte da amostra e locais escolhidos para amostragem. Os genes que codificam para a peroxidase e outros genes importantes. Identificou-se 69 gêneros capazes de degradar os poluentes orgânicos, estes eram em sua maioria filiados com Proteobacteria (49,3%) e Actinobacteria (21,7%) . Quatro gêneros, incluindo Plesiocystis, Anaerolinea, Jannaschia e Mycobacterium foram as principais populações de biodegradação em todos os sedimentos. Neste estudo, as vias de biodegradação quase completos de DDT e ATZ foram encontrados e a via de degradação parcial de HCH foi detectado em todos os sedimentos.

Artigo na íntegra aqui!!!