Análises metagenômicas e metatranscriptômicas integradas de comunidades microbianas no meso e bathypelágico do norte do Oceano Pacífico.

Resumo:

Embora a evidência emergente indique que a água em alto mar contém um reservatório inexplorado de alta diversidade metabólica e genética , este reino não tem sido bem estudado em comparação com a água da superfície do mar . O estudo forneceu a primeira análise metagenômica e metatranscriptômica integrada das comunidades microbianas em águas profundas do mar do Pacífico Norte. Amplificações de DNA / RNA e análises metagenômicas e metatranscriptômicas simultâneas foram empregadas para descobrir informações sobre comunidades microbianas em águas profundas de quatro locais diferentes que vão desde o oceano mesopelágico para o oceano pelágico. Dentro da comunidade procariota , as bactérias são absolutamente dominantes ( ~ 90% ) ,maioria Archaea , em ambos os conjuntos de dados metagenômicos e metatranscriptômicos . O surgimento de filos archaeal  como  Crenarchaeota , Euryarchaeota , Thaumarchaeota , filos bacterianos como Actinobacteria , Firmicutes , sub- filos Betaproteobacteria , Deltaproteobacteria e Gammaproteobacteria , e a diminuição dos filos bacterianos Bacteroidetes e Alphaproteobacteria são as principais diferenças  na composição das comunidades procariotas na água em alto-mar , quando comparado com a referência Global Ocean Sampling Expedition ( GOS ) de água de superfície . Cianobactérias fotossintéticas existem em todas as quatro bibliotecas metagenômicas e em  duas bibliotecas metatranscriptômicas. Na comunidade de Eucariotos, uma diminuição da abundância de fungos e algas no mar profundo foi observada. Relação RNA / DNA foi utilizada como um índice para mostrar a força da atividade metabólica dos micróbios no mar profundo. Análises funcionais indicaram que os micróbios do fundo do mar estão levando uma vida defensiva.

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